四川大學制藥工程專業設立于1998年，是全國首批招生的幾所重點院校之一，在較短的時間形成了化學制藥、生物制藥、中藥制藥以及制劑工程等專業方向齊全的制藥工程專業，采取重點本科、基地班、創新班以及校際聯合培養的多種方式。現有在校本科生約600人，已并逐步形成“理工相融、實踐導向、創新訓練”的辦學特色，2011年獲準“國家級特色專業”建設，已發展成為全國綜合院校實力最強的制藥工程專業和學科之一，并于2013年度獲準建設四川省卓越工程師教育培養計劃。2015年，制藥工程專業順利通過了工程教育專業認證。
目前的制藥工程專業涵蓋了藥物及制藥中間體合成工藝及設備、天然藥物技術及工程、藥物制劑工程、藥物分析及制藥過程檢測、藥物計算機輔助分子設計及過程模擬、新材料與新制劑研究與開發和生物制藥等方向。已建設成同時具有制藥工程學士、碩士、博士學位授予權、博士后流動站以及工程碩士授予權的我國少數幾所高等院校之一，在中國西部獨占鰲頭，在全國頗具影響力。
該專業現有在職專業教師33人，其中94%的教師具有博士或碩士學位，90%以上的教師具有不同程度的工業化或科技轉化的工程實踐經驗。與此同時還聘請有大中型制藥企業、設計院、研究院的高級工程師、專家為兼職教師，擔任畢業教學指導、理論和實踐課程授課等教學工作。
培養目標：培養適應21世紀現代醫藥工業生產與發展需要的畢業生。學生應系統地掌握現代制藥工程及相關科學技術的基本理論、基本知識和基本技能，具有良好的人文素養和創新意識，能從事醫藥及相關領域的工藝與工程設計、技術與生產管理、質量管理與控制、技術與產品研發、經營管理等工作，成為所從事領域的專業技術和管理工作的骨干。
主干課程：計算機基礎、物理化學、生物化學、化工原理、生物藥理學、藥劑學、藥物化學、天然藥物化學、生物制藥技術、藥劑制劑工程、藥物分析、藥事管理與法規、化學制藥工藝學、藥物研制與開發。